Na području Delte Neretve u Republici Hrvatskoj od zaštićenih prirodnih vrijednosti nalaze se četiri posebna rezervata: tri ornitološka: Orepak, Pod Gredom i Prud, značajni za selidbu, gniježđenje i zimovanje ptica, te ihtiološko-ornitološki rezervat "Jugoistočni dio delte rijeke Neretve (Ušće Neretve)". To područje uključuje veliku površinu s caklenjačom na samom ulazu Neretve u more te okolne plićine i lagune važne za selidbu, zimovanje i gniježđenje brojnih ptičjih vrsta, te za mrijest ribe, ishranu i razvoj riblje mlađi. Osim rezervata, zaštitu uživaju također Modro oko i jezero Desne kao značajni krajobraz, park-šuma Predolac-Šibanica i stari čempres u Metkoviću. Svojim sjeverozapadnim rubom zalazi i posebni rezervat u moru - Malostonski zaljev. S bosansko-hercegovačke strane zaštićena područja su Park prirode „Hutovo blato“ i pojedina područja na rijeci Trebižat: vodopad Kravice, Koćuša i Peć Mlini.